Спустя четырнадцать лет после событий второго фильма Синдзи Икари просыпается в мире, который кажется чужим и холодным. Ему трудно понять, что именно произошло, и память подводит его, оставляя множество пустых мест. Постепенно раскрывается пугающая истина, чьи нити тянут героя к новой порции испытаний. В итоге Синдзи вновь оказывается на передовой борьбы с Ангелами, но на его стороне появляется неожиданный круг союзников, мотивы которых не всегда ясны. Старые друзья сомневаются в его решениях и пытаются влиять на ход событий, что ещё сильнее усложняет путь к спасению человечества. Судьба снова ставит его перед тяжёлым выбором: подчиниться давлению мира или рискнуть ради общего блага. И снова от решения юного пилота зависит не только его собственная судьба, но и будущее всего человечества. Что он предпримет в этот раз?
