После Второго удара на планете остаётся лишь разрушенная Япония, а главным очагом бедствия стал город Токио-3 — постоянная мишень для гигантских существ, известных как Ангелы, пришедших погубить человечество. Синдзи Икари, три года не общавшийся с отцом, получает неожиданный звонок: срочно нужно явиться в штаб-квартиру Nerv — организации, ведущей тяжёлую борьбу с Ангелами. Чтобы сдержать угрозы, Nerv опирается на монументальные боевые машины — Евангелионы. Так Синдзи вынужден стать пилотом Евы-01 и работать в тесной связке с Рей Аянами, пилотом Евы-00, с которой ему предстоит совместная работа в одной команде, чтобы встретить новые волны опасности и защитить человечество от исчезновения. Ещё в центре повествования — сложный конфликт отцовских отношений, личные сомнения и цена принятого долга.
