Год 2201. После победы над Императором Зордаром и его Империей Кометы космический крейсер Ямато возвращается на Землю для капитального ремонта и пополнения запасов. Команда под началом Сусуму Кодая должна отдать дань памяти погибшим товарищам и подобрать новых людей в экипаж. Предстоит пройти немало испытаний, ведь новичкам нужно доказать свою состоятельность и научиться держаться в боевых условиях, чтобы в дальнейшем их вклад действительно был значимым. Однако передышка окажется недолгой: Ямато снова выходит в открытый космос и продолжает свой поход. Вернувшись к родной планете Гамилус, флот сталкивается с неприятной неожиданностью — планета оказалась под контролем захватчиков. Империя Темной Туманности стремится присоединить Гамилус и Искандер к своим владениям, ведь их недра богаты ценными минералами и ресурсами. В этом кризисе Сусуму Кодай и Деслер, ранее непримиримые враги, вынуждены забыть давние распри и объединить усилия, чтобы противостоять надвигающейся угрозе, угрожающей всему солнечному миру.
