Это новое дополнение к франшизе Призрак в доспехах, которое сосредотачивается на создании Девятого отдела МВД Японии — специальной единицы, расследующей дела, выходящие за рамки обычной полиции. В центре сюжета — Мотоко Кусанаги, майор, чьё тело претерпело множество кибернетических преобразований в детстве и сделало её киборгом. Её направляют под командование Дайсуке Арамаки, чтобы расследовать взрыв, потрясший город. К делу привлекаются ещё два значимых фигуранта: ветеран и бывший рейнджер Бато, чьи прошлые действия привели к серьёзным конфликтам в Южной Америке, и детектив Тоґуса. Так рождается Девятый отдел — команда, призванная противостоять террористической угрозе и распутать запутанный заговор. По мере развития сюжета поднимаются вопросы пересечения технологий и человеческих чувств, а мегаполис становится ареной для переосмысления обязанностей, доверия и справедливости в работе полиции.
