Время после победы над Кэрол прошло всего несколько недель, однако Хибики [立花 響] вновь вступает в бой, из последних сил против самого грозного врага, с которым сталкивалась цивилизация — летнего задания на дом. Но финиш не судьба ей достичь до начала нового семестра — над миром надвигается новая угроза. Тем временем Цубаса [風鳴 翼] и Мария [マリア・カデンツァヴナ・イブ], ведущие расследование Александрийского инцидента, сталкиваются с Баварскими Иллюминатами — организацией, которая стояла за Карол и за инцидент Фронтира. Пойдя по их следу в разрушенную войной южноамериканскую республику Валверде, носители «Мехасимфоний» становятся свидетелями силы, которую ранее не видел мир, силы, способной поставить под сомнение даже Бога.
