Действие аниме Синдуальность: Нуар разворачивается в постапокалиптическом мире к 2242 году. После таинственного явления, получившего название «Слёзы новолуния», планета погрузилась в ядовитый дождь, который уничтожил почти всё живое. Выжившие вынуждены прятаться в глубине земли, где выросли процветающие подземные города. В этой новой эре нашли источник энергии — кристаллы, способные подпитывать цивилизацию и всё её оборудование. Чтобы добывать эти кристаллы, создали боевые машины-роботы, которыми управляют человек-пилот в союзе с андроидом. Таких пилотов зовут скитальцами, а самих андроидов — магусами. Юный Каната, проживающий в подземном городе Амасия, мечтает стать одним из скитальцев и упорно тренируется ради своей цели. Однажды в ходе раскопок он наталкивается на странного андроида Нуар, утратившего память. Поначалу она кажется обычным магусом, но с течением времени Каната замечает в её искусственном разуме черты, которые выделяют её из толпы и заставляют сомневаться в её настоящей природе.
