Сюжет аниме «Седьмой дух» разворачивается на фоне Барсбургской империи, где военная академия готовит элиту для сохранения влияния государства и контроля над его лидерами. Основной силой, которой обучаются студенты, считается «Зайфон» — энергия, чья природа напрямую зависит от характера ее носителя. В центре внимания — Тэйто Кляйн, один из самых многообещающих учащихся курса. Его часто высмеивают за то, что он раб и почти не помнит своего прошлого, однако эти мелочи не мешают ему обрести верного друга в лице Микагэ Селестайн. Во время выпускных испытаний всплывает темное прошлое героя: в припадке ярости он набрасывается на высокого чиновника Аянами, за что немедленно оказывается за решёткой. Пока спорят о дальнейшем судебном разбирательстве, Тэйто находит путь к побегу, а Микагэ неизменно держится рядом и помогает своему спутнику уйти. По стечению обстоятельств судьба приводит его на территорию Седьмого округа, где церковь предоставляет приют и защиту. Теперь ему предстоит не только вспомнить исчезнувшие фрагменты своей памяти, но и противостоять Аянами вместе с военными, осознав, что он один из немногих, кто может изменить этот мир.
