Долгая и изнурительная война между человечеством и разумными машинами, известными как механоиды, наконец завершилась. Расширив своё влияние во Вселенной, они почти подчинили Землю, и обе стороны, осознав бессмысленность конфликта, договорились о перемирии. Зеро — адмирал флота людей Великой Галактической войны — ныне командир буксирного судна и, хотя война забрала у него всю семью, остаётся неумолимо предан защитe Земли. Во время одного задания его судно подвергается атаке таинственного пиратского корабля, прозванного Тенью смерти, и он вступает в бой, который, однако, заканчивается поражением. Позже командование поручает Зеро новую миссию: выйти на след легендарного пирата, капитана Харлока, причастного к нападению и вселившего страх во Вселенной. Теперь, действуя под знаменем Независимого Флота, вместе со своим прежним боевым линкором Кария и командой, состоящей из людей и механоидов, Зеро отправляется в грандиозное межгалактическое путешествие, чтобы раскрыть тайну загадочного капитана и выйти на его след.
