В 2012 году Японию накрывают Мю — гуманоидные существа с голубой кровью, явившиеся из иного измерения. В 2015-м эти пришельцы атакуют Токио, но отступают под натиском загадочного гуманоидного оружия, называемого «долем». В пылу хаоса молодой Аято Камина встречает свою одноклассницу Рэйку Мисиму. В тот же день за ним начинают охотиться представители правительства, однако на помощь приходит Харука Сито, утверждающая, что её направила организация «TERRA», и объясняющая, что Токио запечатан в временной трещине, где время идёт примерно в три раза медленнее, чем за пределами неё. Чтобы уйти от погони, Аято прячется и запрыгивает на поезд, где вновь встречает Рэйку. Прибывая в Зал Ра, они следуют за ней к гигантскому яйцу, из которого вылупляется долем Ра-Зефон (RahXephon). Неожиданно на вершине долема появляется мать Аято и останавливает вторжение «TERRA». В ходе боя она получает рану, и, увидев её голубую кровь, Аято вместе с Харукой спешно уходят прочь.
