Чужие Гауна становятся неотвратимой угрозой для человечества. Вынужденные искать новый дом, люди отправляются в глубины космоса на корабле «Сидония», преследуемые опасными врагами. Хотя рыцари-пилоты держат оборону, их защита оказывается временной мерой. Нагатэ Таникадзэ, один из лучших лётчиков, ясно осознаёт: противник медленно, но неуклонно набирает силу. Друзья гибнут, новое оружие нередко терпит поражение, и без решительных действий победа уйдёт к врагам. В отчаянных ситуациях требуются отчаянные шаги. Военные и учёные решают рискнуть и создать гибридное существо на основе забытых знаний. Ему дано имя Цумуги Сирауи. Существо, чьё тело частично Гауна, но чья личность — человеческая, становится незаменимым помощником в тяжёлых боях, хотя не всем нравится его появление. Так или иначе, на пути к новому дому землян ждёт ещё немало испытаний.
