В эпоху 220X года цивилизация шагнула далеко в область радиосетей: повседневная жизнь держится на тонкой нити волнового пути, соединяющего города и людей. В центре истории — ученика пятого класса по имени Субару Хосикава, который пережил потерю отца в катастрофе, случившейся на орбите. Однажды он сталкивается с загадочной внеземной радиоволной по имени Уор-Рок, спускающейся с далекой планеты FM. Уор-Рок уверяет, что знаком с отцом Субару, но за их союзом гоняются чужие цивилизации радиоволн. Эти существа стремятся охотиться за Уор-Роком, чтобы добыть секреты его силы. Объединившись, герой и пришелец переплавляют свои силы в Мегамена — радиоволнового стража, способного перемещаться по Волновой дороге, проникать в вирусы радиоволн и отражать угрозы, нависшие над Землей.
