Во втором сезоне аниме Индекс волшебства II, вышедшем в 2010 году, история Индекс — одной из главных героинь и ключевого звена между наукой и магией в Академия-Сити — продолжает разворачиваться под давлением могущественных волшебных обществ. Эти элиты всё ещё мечтают извлечь выгоду из трёх и более сотен тысяч запрещённых гримуаров, заключённых в её памяти и запрещённых Церковью, чтобы претендовать на власть над миром. В такие суровые времена Индекс вынуждена полагаться на поддержку близкого друга Тома Камидзё, который вместе с импульсивной Микото Мисака и другими верными товарищами не собирается оставлять подругу на произвол судьбы. В их мире интриги сменяются сражениями, испытаниям подлежат преданность и принципы: кому из союзников можно доверять, какие знания следует держать под контролем, а какие — скрывать ради безопасности окружающих. По мере приближений каждого эпизода напряжение растёт, и героиня сталкивается с выбором между силой и ответственностью, рискуя столкнуть магию с наукой и изменить судьбы тех, кто ей дорог.
