Спустя тысячу лет после того, как неизвестная раса Гауна уничтожила Солнечную систему, человечеству удалось укрыться на гигантских космических кораблях «Сидония», где сохранение рода стало главной задачей. Эти существа — огромные, почти неуязвимые и лишённые разума — превратили космос в поле непрекращающихся охот. Выжившие нашли путь к защите, создавая пилотируемые боевые механизмы, способные противостоять врагу и его смертоносным атакам на орбитальной арене. Всё детство и юность Нагатэ Таникадзэ прошли в полной изоляции на одном из судов; когда его способности к пилотированию боевых систем стали заметны, он был взят под опеку и начал обучение. Теперь он и его товарищи по команде ведут тяжёлую и опасную войну за выживание человечества, защищая последний бастион цивилизации и отражая натиск Гаун, используя смекалку, смелость и безупречную командную работу.
