История сосредоточена на Майе Кумаширо, дочери бывшего директора Академии Валдштейн, и загадочном страннике во времени Фумиаки Учиде. После того как в 2012 году Землю накрывает волна вторжения инопланетян, в мир отправляются временные агенты, которым поручено вернуться в прошлое — в 1999 год — чтобы обнаружить и уничтожить таинственный артефакт под названием Ключ Нострадамуса, чье обладание, согласно пророчествам великого пророка, может привести к апокалипсису. Разворачиваясь именно в 1999 году, повествование возвращает Майю в стены Академии: она intends занять кресло руководителя и подзадорить конкурентов, чтобы овладеть властью над учреждением. Но встреча с Фумиаки и сообщение о надвигающейся катастрофе заставляют её пересмотреть планы. Не полностью веря в пророчества, Майя и её спутник заключают временное соглашение и отправляются вместе на поиски Ключа Нострадамуса, чтобы предотвратить гибель мира и сохранить баланс между мирами.
