После завершения Второй мировой войны в Японии возникла спецслужба, чья задача заключалась в противодействии терроризму и экстремизму в Тихоокеанском регионе. Ответственность оказалась столь серьёзной, что её могли взять на себя лишь действительно профессиональные кадры. Но кого же можно было привлечь на такую работу? Естественно, ниндзя. Изначально подразделение действовало на территории Японии, однако со временем сфера его полномочий расширилась до глобального масштаба, и ниндзя начали заниматься международной деятельностью, увеличив штат до двадцати тысяч работников. В их числе — Куро Кумогакурэ, семнадцатилетний парнишка, которого считали неудачником, но он жаждет стать неотъемлемым звеном обороны страны от атак заграничных преступников. Звучит впечатляюще, однако Куро ещё учится в старшей школе, поэтому устроился в агентство на неполную ставку, чтобы совмещать учёбу с повседневными заботами и прочими скучными задачами и проблемами жизни.
