За двадцать лет до событий истории Танатос — астероид, направляющийся к Земле, достигает Плутона и разрушает его оболочку, оставляя за собой мрачную угрозу. Хотя столкновение частично задерживает траекторию, опасность для планеты остаётся. Чтобы не допустить гибели Земли, Международное агентство изучения Солнечной системы (МАИСС) запускает секретный проект «Д» и, обнаружив в глубинах океана загадочное яйцо дракона, создаёт мощного «Драгонавта». Основная миссия нового оружия — ликвидировать Танатос и прекратить надвигающуюся катастрофу. Но вместе с пилотами и учёными вскоре выясняется: опасность не ограничена только астероидом — Землю начинают заполнять неизвестные существа. В тяжёлом времени юный Дзин Камисина становится свидетелем убийства одного из этих созданий, и в момент попытки погибнуть сам он получает спасение от таинственной девушки по имени Тоа; их судьбы переплетаются в бескомпромиссной борьбе с тьмой и чужими угрозами.
