Во времена Бакумацу бушует смятение: молодые сердца тревожно глядят в будущее своей страны. Синсаку Такасуги, наёмник из Тёсю, вместе со своим напарником Когоро Кацурой пробираются на государственный корабль в поисках загадочного хронометра — артефакта, способного манипулировать временем. Их цель проста и тревожна: не допустить, чтобы правительство завладело такой силой. Синсаку решает уничтожить этот камень времени, чтобы он не попал в чужие руки; однако, когда ему всё же удаётся заполучить его, он теряет артефакт, и товарищи вынуждены преследовать вора до резиденции правительства Киото. По прибытии в столицу они обнаруживают, что власть была свергнута, и на троне правит бог Сусаноо. Город и люди выглядят иначе, чем помнят Синсаку и Когоро. Время изменилось, но миссия остаётся прежней: герои намерены «перезапустить» ход истории и спасти народ от зловещих сил, стремящихся овладеть страной.
