Прошло два года после завершения конфликта между EAF и Координаторами, и мир всё ещё колеблется на тонкой грани между покоем и новыми потрясениями. Чтобы снова разжечь войну, группа Координаторов отправляет на Землю таинственную колонию Unie 7, рассчитывая, что её падение обрушит на планету почти всё население. Колония подвергается взрыву силами ZAFT, но осколки её обломков несут землю огромные разрушения, оставляя заметные раны на ландшафте и подогревая конфликт. Вскоре противостояние вспыхивает с новой силой, и главное оружие снова оказывается в руках тех, кто стремится спасти мир, к которому они привязаны. Старые и новые союзники собираются на грани кризиса, ведь судьба планеты вновь висит на равных между надеждой и угрозой. Героев ждут тяжелые решения, рискованные миссии и проверка верности друг другу, пока будущее планеты остаётся в их руках.
