Во время ожесточенного противостояния между натуралами (OMNI) и координаторами (ZAFT) на передовой стоит задача одного бойца-координатора: добыть недавно созданный Земным альянсом мобильный доспех, выпущенный в колонии натуралов Гелиополис. Кира Ямато, учащийся технического колледжа на Гелиополисе, оказывается втянутым в конфликт, когда ZAFT забирает четыре из пяти боевых машин. Он находит уцелевший — Strike — и вынужден сесть за управление им, чтобы спасти себя и близких. В вихре событий Кира вновь сталкивается со своим другом детства Асураном Залой, который по стечению обстоятельств служит в ZAFT и принимал участие в набеге на Гелиополис. Управляя «Страйком», он присоединяется к Земному альянсу на борту корабля «Архангел», надеясь защитить товарищей. Однако его тревога остаётся: ему предстоит сразиться против давнего друга и тех, кто был ему дорог в прошлом.
