Это прямое продолжение фильма «Аркадия моей юности». Война против Империи Иллюмидус, порабощающей и разрушающей всё на пути обитаемых миров, достигла кульминации — Земля полностью перешла под контроль чужеземных захватчиков. Харлок и его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с планеты. Но Иллюмидус на этом не остановился. Харлок [キャプテン・ハーロック], Тотиро [大山トチロー] и Эмеральда [エメラルダス], под кодовыми номерами: S-00999, S-00998, X-00001, объявлены в розыск. Пытаясь бороться не только с Иллюмидусом, но и с множеством людей, стремящихся получить награду за головы разыскиваемых преступников, единственные защитники Земли продолжают свой путь.
