После завершения школьного турнира по Vanguard у Кодзи Ибуки начинают сниться тревожные кошмары. Номэ Татсунаги просит Суико привести его в особняк, где становится ясно, что юноша способен увидеть темную башню под названием «Санктуарий». Эта башня искажает временные линии на протяжении всей истории, и единственный способ восстановить ход событий — сперва Кодзи должен исправить ту ошибку, которую непременно совершит в будущем. Теперь Кодзи и Суико вынуждены отправиться в параллельный мир «-if-» и понаблюдать за тем, как волшебницы Эми Сэндо и Сюка призывают юнитов Vanguard в попытке скорректировать историю. Однако от самих героев пользы едва ли много — дуэли на картах против реальных монстров оказываются не особенно эффективными. Путешествие через альтернативные реальности открывает новые причины тревоги и заставляет искать скрытые пути воздействия на события, чтобы вернуть баланс временной линии и защитить мир от надвигающейся хаотической энергии.
