По истечении семи месяцев после завершения Одногодичной войны остатки Герцогства Зион превратились в Республику Зион и продолжили упорное противостояние. Дэрил Лоренц, пилот мобильного боя «Психо-Заку», принимал участие в завершающих операциях в секторе «Удар молнии», где был поражён флот Братства Мур. Но после утраты «Психо-Заку» он отправляется на Землю в поисках сведений об Альянсе Южных морей — военной группе внутри Земной Федерации. В это же время Ио Флеминг, который ранее противостоял Дэрилу, был выбран на пилотирование прототипа мобильного воина «Атлас Гандам» и также направлен на Землю. Так начинается новая фаза конфликта: на планете сталкиваются наследники старой вражды, а участники противостояния приближаются к решающей развязке, где их судьбы переплетутся под свист молний.
