После кончины родителей Такэру Яги воспитал глава клана Рокуносукэ Тома. Теперь вокруг юноши постоянно кружат люди: его неизменный товарищ и горячий соперник из секции кендо Такэси Ямато, его сводные сестры Котоно и Асука Сираторари, а также детская подруга Сэри Осу. Жизнь мальчика казалась идиллической, пока однажды не случилось сильное землетрясение, обрушившее их школу. Очнувшись после толчка, Такэру сталкивается с ужасающей сценой: здание, ставшее для него храмом воспоминаний, лежит в руинах, и всё, что было в школе и вокруг — исчезло. А вскоре он находит Сэри и Асуку, после чего четверка спешно отправляется прочь из разрушенного места. Прогуливаясь по пустынному городу, они осознают, что пропало все население — ни учителей, ни одноклассников не осталось, как будто город поглотил таинственный вакуум.
