Сюжет переносится вперёд на два месяца после событий на подводной лодке Tuatha De Danann, завершивших первый сезон. В мире Мифрил обнаруживается clandestine группа, овладевшая технологией, способной взламывать ECS — систему электронных замков. Эта организация носит имя Амальгама и помимо прочего обладает некой «темной технологией», якобы заимствованной у загадочного Виспера, такого же типа, как у Канаме Тидори. Как и подобает секретным службам, Амальгама не намерена останавливаться на достигнутом и стремится к ещё большему контролю над ситуацией. Когда миссия Сосукэ Сораги по защите Тидори оказывается отзыванной силами Мифрил, всё, что Амальгама задумывала, начинает складываться воедино — ключевые элементы заговора выстраиваются в одну устойчивую схему. В результате скрытые силы переходят к активным действиям, на их стороне оказываются влиятельные фигуры, а герои понимают: перед ними не только технологические угрозы, но и новая волна шпионских интриг.
