Два года прошло с момента последнего великого столкновения с фестумами, и жители острова Тацумия начали постепенно возвращаться к своим привычным дням. Ослабевший зрением Кадзуки Макабе все глубже сомневается в клятве, которую перед исчезновением дал ему Соси Минасиро — обещание, что он вернётся и всё снова будет по-прежнему. Но мир переворачивается одной ночью, когда в бухту Тацумии появляется неопознанная подводная лодка. На её борту оказывается таинственный юноша по имени Мисао Куросу, который заявляет, что послал его не кто иной, как Соси. При появлении Мисао конфликт между фестумами и человечеством воспламеняется с новой силой. Кадзуки и остальные пилоты фафниров вынуждены снова выйти на схватку со старым врагом, и на этот раз битва обещает стать самой ключевой в их жизни — битвой, которая должна определить будущее людей и фестумов.
