Это третий фильм в четырехчастной серии и, в отличие от первых двух, не повторяет сюжет сериала. После того как Мадока заново построила Вселенную, Хомура живёт в мире, где рождение ведьм больше не случается, однако отчаяние людей по‑прежнему находит выражение в призрачных существах, с которыми ведут бой юные волшебницы. Главная героиня продолжает нести груз одиночества после расставания с Мадокой и нередко сталкивается с тенями прошлого, которые не отпускают. В новом витке истории появляется ещё одна волшебница — Нагиса Момоэ, чьё появление вносит новые испытания и меняет динамику отношений между персонажами. Погружаясь в новые грани вселенной и сталкиваясь со своими демонами, Момоэ и Хомура вынуждены пересматривать цели, дружбу и долг перед вселенной, чтобы встретиться с будущим, которое одновременно обещает свет и таит тревогу.
