Юный Дзиро возвращается домой и обнаруживает, что его мать и сестра погибли. Ложно обвинённый в преступлении, он вынужден покинуть родную деревню. Встречает священника по имени Тэнкай, который заставляет его расправиться с отступником-ниндзя по прозвищу Тародза. Выполнив это опасное задание, Дзиро начинает путь обучения и становится мастером убийств. Спустя годы он узнаёт тяжёлую правду: он сирота, а его биологическим отцом был тот самый Тародза, ранее служивший Тэнкаю, пока не ушёл от миссии ради любви к женщине из народа айнов. Ниндзя понимает, что сёгунат планирует найти утраченное сокровище Капитана Кидда и использовать его, чтобы снова изолировать Японию от остального мира. Следуя зашифрованным подсказкам, которые Тародза тайно держал в секрете, Дзиро вместе с юной ниндзя Оюки и рабом по имени Сэм отправляются за пределы страны — сначала в Россию, затем в Америку — в поисках сокровища и с надеждой отомстить Тэнкаю.
