Действие фильма разворачивается сразу после завершения строительства космического подъёмника Эндимион в Академия-Сити. Главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс сталкиваются с Арисой Мэйго, эспером нулевого уровня, во время осторожной прогулки по городу. По неизвестной причине Ассоциация Магов начинает охоту за Арисой и атакует академический мегаполис. Чтобы защитить жителей и предотвратить грядущее вторжение магии, формируется подпольное движение сопротивления, возглавляемое загадочной Шатаурой Секвенцией. По мере развития сюжета героям удаётся узнать от Стэйла Магнуса, что их новую знакомую Арису могут использовать как инструмент для разжигания войны между двумя мирами — мира магии и мира науки — что угрожает балансу и ставит под вопрос их собственные отношения и решения, принятые на фоне этого кризиса.
