После разрушительного Четвёртого удара Синдзи, Аске и Рей остаются без своих Евангелионов и находят укрытие в одном из редких очагов человеческой жизнедеятельности на опустошённой планете. Здесь каждый из них пытается возвести новую, далёкую от прошлого жизнь, которая не похожа на ту, что они вели в роли пилотов Евы. Но угроза для мира остаётся: на горизонте зреет новый удар, который может стать подлинным концом Евангелиона и всего живого на Земле. В ответ на тревогу запускается амбициозный проект по совершенствованию человечества, и Wille готовится к финальному, изматывающему противостоянию, чтобы предотвратить Последний удар. В этой истории каждый герой ищет смысл в разрушенном мире, пытается пережить утраты и сделать выбор, который может изменить судьбу всего человечества и самого Евангелиона, даруя шанс на новое будущее.
