Вернувшись на Землю спустя двадцать тысяч лет отсутствия, Харуо Сакаки вместе с оставшимися людьми обнаруживает планету, изменившуюся до неузнаваемости. Природа и животный мир здесь будто бы выступают воплощением Годзиллы, а сама планета превратилась в мир монстров, которым правит гигантский Годзилла высотой около трёхсот метров. Человечество держится на грани выживания, вынуждено бороться за каждую искру жизни и заново учиться жить в этом новом мире. Желающий одолеть чудовище и вернуть Земле шанс на существование, Харуо встречает потомков древнего народа Хутуа. Сёстры Майна и Миана, их братская тропа ведёт героя к останкам Меха‑Годзиллы — загадочного оружия против титана, чья энергия ещё теплает в виде самогенерирующегося наноматериала. Теперь Харуо направляется к целому Городу Меха‑Годзиллы, созданному наноматериалом за многие эпохи и способному уничтожить монстра, чтобы вернуть человечеству право жить на своей планете. В этом городе заключена сила, которая может переломить исход конфликта и вернуть людям место на Земле.
