Людство едва сумевшее выстоять после нашествия негуманоидной расы, получившей название Гауна, держится на грани выживания. Остатки населения нашли убежище на гигантских космических кораблях, именуемых «Сидония», которые время от времени останавливаются для пополнения запасов, после чего продолжают странствие сквозь пустоту космоса в поисках нового дома. Зловещая угроза со стороны Гауна остаётся повсюду, но учёные разрабатывают специальные контрмеры, а военные осваивают их применение. Нагатэ Таникадзэ провёл детство в глубинах одного из кораблей, почти не общаясь с людьми и живя под опекой Хироки Сайто, который называет себя его дедом. Тогда смерть близкого и голод вынудили юношу выйти на поверхность; обученные им на старом тренировочном симуляторе навыки пилотирования станут ключом к защите «Сидонии» от беспощадных Гауна. Этот фильм представляет собой укороченную версию телесериала.






