Ангелы вновь обрушиваются на земли, заставляя Nerv держать оборону на пределе. В штабной зоне появляются два новых пилота, получивших доступ к управлению боевыми Евангелионами: пилот, управляющий Евангелионом-05, Мария Илластриэс Макинами, судьба которой трагически оборвалась уже в первом столкновении; и молодой летчик, который позже становится пилотом Евы-02, а затем и Евы-03 — Аска Лэнгли Сикинами. В это же время начальник проекта Гэндо Икари и таинственный Совет Seele запускают амбициозный план по эволюционному совершенствованию человечества. В его рамках задействованы Рей и Синдзи, а также загадочный мальчик по имени Каору Нагиса. На фоне непрерывной битвы с ангелами развертываются новые судьбы, переплетаясь с идеалами науки и стремлением к трансформации самого человека, что ставит под сомнение границы нравственности и предназначения героев.
