После Второго удара мир изменился до неузнаваемости: выжить удалось лишь маленькому Токио-3, который постоянно обстреливают гигантские существа, именуемые Ангелами, угрожающие самому существованию человечества. Синдзи Икари, три долгих года не встречавший своего отца, получает внезапный телефонный звонок и должен без промедления прибудить в центр стратегического управления Nerv — организации, которая ставит своей задачей противостояние Ангелам. Чтобы одолеть врагов, Nerv применяет гигантские боевые машины — Евангелионы. Так начинается путь Синдзи к пилотированию Евы-01 и к совместной работе с Рей Аянами, пилотом Евы-00, чьё холодное спокойствие призвано поддержать его в бесконечных сражениях за будущее людей.
