В далёком будущем Земля и большая часть человечества оказались во власти воинственной Империи Иллюмидус, подавляющей любой глас свободы. Немногие ещё держат оборону против инопланетной тирании: Харлок, капитан космического крейсера «Призрачная смерть», который занял своё место в рядах сопротивления и перевозчик беженцев — тех, кто сумел вырваться из-под гнёта. Однако и ему не удаётся избежать ударов стальной воли Иллюмидуса, и после жестокой атаки он вынужден совершить вынужденную посадку на одной из баз, захваченных врагами, где оборудование и крепостные стены дышат угрозой. Именно там Харлок сталкивается с Точи́ро Ояма́мa — клановым родственником и хранителем забытых знаний, который неустанно хранит память о прошлом и несокрушимую веру в будущее. Ояма демонстрирует ему грандиозный линкор, созданный по давно утраченным технологиям предков, и называет его Arcadia, в честь родины благородного клана пиратов-рыцарей Харлоков. Так начинается путь последнего потомка клана: он стремится объединить силы, чтобы вернуть Земле свободу и вернуть человечеству право на будущее, пронзая пространство светом и мечом в борьбе за справедливость.
