После перевода Макото Юки в частную академию Гэккокан его мир внезапно переворачивается: на него набрасывается таинственное существо под названием Тень, и это столкновение пробуждает в юноше редкую силу — способность вызывать Персону. Замечая огромный потенциал новичка, участники скрытого школьного клуба SEES, который ведёт борьбу с загадочными сущностями, предлагают ему вступить в их ряды. Макото по натуре отстранённый и нередко холодный к людям, сначала принимает предложение без особого энтузиазма, но со временем крепнет связь с новыми товарищами, и он начинает доверять им больше, чем когда-либо ранее. Наступает лето, битва идёт полным ходом, а расследование углубляется — друзья узнают способы раз и навсегда положить конец так называемому Темному времени. Однако внутри Макото растёт тревога: он боится потерять единственное место, где чувствует подлинную связь и дружбу. В этом сезоне юноша сталкивается с тяжёлым выбором между безопасностью и близкими отношениями, между долгом перед командой и стремлением сохранить ту уникальную связь, что держит их вместе.
