Под покровом ночи таинственный замаскированный убийца расправляется над пятерых мужчин по разным уголкам страны: трое в Токио, один в Осаке и последний — в Киото. Расследование вскрывает связь всех погибших: они состояли в банде Гэндзиботару, специализировавшейся на краже буддийских статуй и артефактов; члены банды носили имена слуг Минамото Ёсицунэ. Без явного мотива и зацепок по остальным участникам преступной группы расследование заходит в тупик. Но храм в Киото обращается за помощью к знаменитому Когоро Мори: монахи получают анонимное письмо с необычной головоломкой, решение которой должно вернуть давно утраченную статую. Меж тем Конан Эдогава и юный детектив Хэйджи Хаттори объединяют силы, чтобы разгадать загадку и найти убийцу, пока Хаттори параллельно ищет свою возлюбленную детства. Благодаря знанию узких улочек Киото они прочёсывают город, приближаясь к истине; однако преступник наносит новый удар — ещё одного члена Гэндзиботару он уничтожает и после нескольких неудачных покушений на Хаттори похищает его возлюбленную детства. Только объединив усилия и раскрыв скрытые улики, Конан и Хаттори смогут положить конец кровавому пути мстительного самурая и вернуть счастье Хаттори.
