Эта история знакомит нас с Акко Каґари, молодой школьницей, чьи способности к магии пока далеки от совершенства. Она выросла в обычной семье, и волшебство ей не прививали с детства, поэтому обретение реально действующей силы пока остается за пределами её опыта. Одарённая мечтой о магии после впечатляющего представления в детстве, Акко поступает в академию под названием «Новая Луна», надеясь на увлекательные и яркие занятия. Но большинство уроков здесь носит чисто теоретический характер: длинные чтения, лекции и записи, практически без практики — что, конечно, не по душе начинающей ведьмочке. Однажды её класс отправляется в лабиринт за редкими предметами по заданию учителя. Бродя по подземелью и коридорам, Акко слышит крик и немедленно бросается на помощь. Благодаря помощи своей подруги-алхимика она обнаруживает новую, ещё неизведанную часть лабиринта. Там её ждут загадки древних артефактов и тайны магии, а также встречаются монстры и артефакты, которые нужно найти и понять. Этот шанс стать сильнее вколдовстве даёт Акко возможность показать себя и сделать реальный шаг к своей мечте. Примечание: «Академия ведьмочек» является одной из четырех аниме-работ, получивших финансирование в размере 38 миллионов иен (примерно 480 тысяч долларов) в рамках проекта подготовки молодых аниматоров 2012 года.
