Спираль рассказывает историю Мизуро и Назуми, двух близнецов с кардинально разным характером, чьи черты порой кажутся несовместимыми. Однажды после того, как они возвращают домой свою подругу Томо, из парка доносится тревожный женский крик. На следующий день Томо откровенно признаётся Мизуро, что именно её крики разбудили тревожное событие, и что она была изнасилована прямо в парке. Позже Томо начинает вести себя странно и порой обращается к Мизуро с навязчивыми и откровенно сексуальными намеками. Со временем она погибает при загадочных обстоятельствах, и расследование поручают отцу обеих девушек. Мизуро решает взять расследование в свои руки и вскоре узнаёт не только истинную причину гибели Томо, но и шокирующую правду: Назуми не является сестрой, а обычным клоном Мизуро. Так начинается запутанное путешествие к разгадке тайн, скрытых в их мире.
