За 32 года после разгрома вторжения мир живёт на грани. A.E.G.I.S. исчезла как крупная сила и превратилась в подпольную сеть — остаётся лишь небольшая группа Хранителей Врат, держащая оборону ради спасения человечества. В их рядах — Аянэ Исудзу, чьё сердце устало от суеты общества, но она всё равно продолжает громить Захватчиков, мстя своему отцу. Внезапно ей становится известно о возвращении Машинного генерала, прозванного Сегуном Кикаи, и графа Дьявола — Акумы Хакушаку. Но к их делу присоединяется загадочная девушка‑призрак, чьё присутствие меняет правила игры. Вместе Аянэ и оставшиеся Хранители Врат должны помешать новым силам и снова вывести человечество из-под тени угроз.
